Курганы представляют собой могилы родовых или племенных вождей, сооружённые во время скифского периода (II-Y в до н.э.). Первый пазырыкский курган был раскопан в 1929 году С.И. Руденко, а в период с 1947 г. по 1949 г. М.П. Грязновым и С.И. Руденко была исследована вся цепочка из пяти курганов.

Под каменными насыпями были обнаружены прямоугольные ямы глубиной до 4 м и площадью около 50 кв.м. В ямах стояли погребальные камеры, напоминающие срубы. Они имели двойные стены, пол, потолок. Внутри камеры были отделаны досками, снаружи — бревнами. Промежуточное пространство было заполнено дробленым камнем, поверх потолка камер до верхнего края ямы было навалено свыше 300 бревен средней толщины.

Вследствие значительной высоты урочища Пазырык, особенностей климата и конструкции курганов, вскоре после их сооружения под ними образовалась многолетняя мерзлота, обеспечившая хорошую сохранность всего положенного в могилу. В срубах были обнаружены бальзамированные тела мужчин и женщин, находившихся в саркофагах, тела мужчин были покрыты татуировкой. Здесь были найдены экземпляры роскошной одежды, обуви, ковры местной и иранской работы, столики на резных ножках, вышитая шёлковая китайская ткань, кориандр и украшения из маленьких ракушек, известных в то далекое время в Персидском заливе. Найденные в Пазырыкских курганах предметы позволяют утверждать, что у скифов были налажены связи не только с Китаем, но и с Персией и другими странами.

В курганах обнаружены уникальные предметы: древнейший в мире ворсовый ковер, древнейшие пышно украшенные седла, колесница для четверки упряжных лошадей и многое другое. Весьма любопытно, что в тот период у ассирийцев, персов, греков и других народов с развитой культурой седел еще не было. И это не случайно: Горный Алтай входил в ту область зоны Центральной Азии, где возникла первая войлочная юрта и, была раньше, чем где-либо, одомашнена лошадь.

В настоящее время извлеченные из Пазырыкских курганов ценности хранятся в Эрмитаже в отделе первобытной культуры. Они представлены в семи залах, посвященных искусству и культуре Сибири. Отдельные находки можно также увидеть в краеведческих музеях Бийска и Горно-Алтайска.